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Sequenzalignment (von lateinisch sequentia, „Aufeinanderfolge“ und englisch alignment, „Abgleich, Anordnung, Ausrichtung“) bezeichnet den methodischen Vergleich zweier oder mehrerer Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen in linearer Abfolge. Sequenzalignment ist ein Teilgebiet des Pattern Matching. Es wird in der molekularen Phylogenie verwendet, um die funktionelle oder evolutionäre Verwandtschaft (Homologie) von Nukleotidsequenzen oder Aminosäuresequenzen zu untersuchen. In der Fachsprache werden anstelle des Anglizismus „alignment“ auch die eingedeutschten Begriffe Alignierung oder Alinierung benutzt.
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